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PCR反應過程中會出現錯配現象，這些錯配分布在PCR產物的不同位置，所以我們得到的PCR產物是許多攜帶不同位置錯配片段的混合物。PCR產物直接進行測序，如果在同一堿基處出現多次錯配現象，但絕大多數片段在該位置上的堿基還是正確的，所以錯配堿基會由于信號較弱而被覆蓋，正確堿基被讀取 。因此，用PCR產物直接進行測序，其結果可以間接反映原始模板信息。而PCR產物經克隆后測序是分析了單一片段的堿基序列。在PCR擴增過程中，每一個DNA片段都可能發生堿基錯配現象。所以，PCR產物克隆過程中可能連入錯配片段，其測序結果和PCR產物直接測序的結果不完全一致。